Marko Škreb rođen je 8. svibnja 1957. u Zagrebu. Zajedno s bratom Franjom provodio je djetinstvo igrajući se po livadama Pantovčaka, povremeno prakticirajući s bratom omiljenu dječuju igru - posjećivanje tuđih voćnjaka. U osnovnoj školi i gimnaziji bio je odličan učenik. Na Ekonomskom fakultetu počinje se baviti financijama u čemu briljira. Nakon što je diplomirao 1980. zapošljava se u Uredu za planiranje SR Hrvatske. Potom postaje asistent na Ekonomskom fakultetu - Odsjek za nacionalnu ekonomiju. U ožujku 1984. postaje magistar. Usavršava se u Salzburgu, a potom na Ekonomskom institutu u Boluderu u američkoj saveznoj državi Colorado te na sveučilištu u Pittsburghu (također u Sjedinjenim Državama), da bi se 1990. vratio u domovinu i doktorirao na Ekonomskom fakultetu u Zagrebu. Asistent-profesor na istom fakultetu postaje 1991. da bi već naredne godine (1992.) bio imenovan direktorom Direkcije za analizu Narodne banke Hrvatske.
Nakon dvije godine staje na čelo Sektora za istraživanje i statistiku Narodne banke Hrvatske, a na samom kraju 1995. postaje savjetnik za gospodarstvo predsjednika Republike Hrvatske Franje Tuđmana. U ožujku 1996. postaje guverner Hrvatske narodne banke, nasljeđujući to mjesto od Ante Čičin-Šaina i Pere Jurkovića. Pri tome se o njemu govori kao o pripadniku Jurkovićeve škole i čovjeku kontinuiteta. Državnotvorna javnost dočekuje ga sa simpatijama. Hvali se njegova otvorenost u komunikaciji s novinarima, neformalan pistup koji je navodno vidljiv i u tome što daje prednost tramvaju nad službenim vozilom. Ugledni časopis Central Europian 1997. proglasio ga je najboljim guvernerom Srednje Europe, a Euromany najboljim bankarom u istočnoj Europi. Sredinom 1998. unatoč aferama oko Dubrovačke banke, Istarske banke i Karlovačke banke usred središnjeg Dnevnika Hrvatske televizije proglasio je stanje u hrvatskom bankarstvu zadovoljavajućim. Sutradan su štedište iz Karlovačke banke podigle oko 6 milijun kuna. Njegova odluka da poslovne banke (kako bi se pokušala ublažiti njihova nelikvidnost) ne moraju u njezinim trezorima čuvati 40 % nego samo 25 % novčane aktive, izazvala je prilično nezadovoljstvo kod štediša. U ožujku 2000. donosi odluku o zatvaranju svih poslovnica Istarske banke i Cibaliae banke.
No, njegovo će se ime u negativnom kontekstu spominjati 1999. kada na vidjelo izlaze kriminalne radnji u Riječkoj banci. Tom je prilikom prema procjenama gubitak banke iznosi oko 74 milijuna dolara. Dio javnih glasila sumnjičit će ga da je znao za kriminalne radnje i da ih je pokušao zataškati. No, to nikad nije u potpunosti dokazano. Uskoro (2000.) istječe mu mandat na mjestu guvernera Hrvatske narodne banke te na to mjesto umjesto njega dolazi Željko Rohatinski. Škreb potom radi za MMF i Svjetsku banku te u okviru tih poslova savjetuje albansku Središnju banku i Centralnu banku BiH. Uzima učešća u projektima ovih organizacija u Crnoj Gori, Rumunjskoj, Ukrajini i Kosovu. U rujnu 2007. imenovan je glavnim ekonomistom u Privrednoj banci Zagreb što je druga najveća banka u Hrvatskoj, a dio je talijanske Insetsa Sanpaolo bankarske grupacije
Vanjski je suradnik bečkog Instituta za poredbene ekonomske studije, član Europskog saveza poredbenih ekonomskih studija, te Hrvatskog društva ekonomista. Oženjen je i ima dvoje djece.